Andrea Appiani nasce a Milano nel 1754, figlio del medico Antonio e di Marta Liverta. Nel 1768, il padre lo iscrive alla scuola di disegno dell'Accademia Ambrosiana. Qui, Appiani incontra Gaetano Monti, futuro scultore e grande amico, e si avvicina all'arte del Cinquecento. Nell’accademia impara le proporzioni del corpo umano, la composizione della figura e si diletta, con matite a tre colori e sfumini, nella pratica del disegno.

Dal 1769 al 1775, Appiani vive anni di intensa formazione. Dopo gli studi alla scuola di Giudici, frequenta la Scuola del Nudo all'Accademia Ambrosiana, copiando le opere dei grandi maestri e confrontandole con la natura per ridisegnare i soggetti dal vero. Dunque, capisce il suo stile e inizia a distaccarsi dallo stile barocco. Successivamente studia anatomia per nove anni all'Ospedale Maggiore di Milano, approfondendo la conoscenza del corpo umano.

Gli anni giovanili di Appiani, dal 1772 al 1775, sono contrassegnati da difficoltà economiche, che lo portano a dipingere fiori su carta e seta. In questo periodo, realizza una serie di opere andate perdute.

Tra il 1780 e il 1782 Appiani partecipa alla decorazione del Palazzo Arciducale di Milano.
Oltre agli affreschi per le residenze aristocratiche, Appiani si distingue come fine ritrattista di personalità importanti, tra cui Napoleone, Vincenzo Monti e Antonio Canova dove, sotto Napoleone, diventerà "primo frescante d'Europa".

Nel 1800, Appiani viene nominato Commissario per le Belle Arti, ma la sua carriera decolla davvero durante l'occupazione napoleonica, che gli permette di ottenere importanti incarichi e commissioni. Una delle più prestigiose fu la nomina a "premier peintre" di Napoleone nel 1805, un ruolo che lo fece diventare il principale responsabile della politica artistica celebrativa del governo francese.

Dopo essere stato nominato “conservatore della Regia Galleria di Brera”, Appiani muore a Milano l'8 novembre 1817 a causa di un’emorragia cerebrale.